| Verein | Sp. | Diff. | P. | ||
| 1. | |
Augsburg II | 0 | 0 | 0 |
| 2. | |
1896 Rain | 0 | 0 | 0 |
| 3. | |
Aubstadt | 0 | 0 | 0 |
| 4. | |
Eichstätt | 0 | 0 | 0 |
| 5. | |
Garching | 0 | 0 | 0 |
| 6. | |
Bayreuth | 0 | 0 | 0 |
| 7. | |
Burghausen | 0 | 0 | 0 |
| 8. | |
Schalding | 0 | 0 | 0 |
| 9. | |
Schweinfurt | 0 | 0 | 0 |
| 10. | |
Fürth II | 0 | 0 | 0 |
| 11. | |
Heimstetten | 0 | 0 | 0 |
| 12. | |
Aschaffenburg | 0 | 0 | 0 |
| 13. | |
Illertissen | 0 | 0 | 0 |
| 14. | |
Buchbach | 0 | 0 | 0 |
| 15. | |
Rosenheim | 0 | 0 | 0 |
| 16. | |
Memmingen | 0 | 0 | 0 |
| 17. | |
Nürnberg II | 0 | 0 | 0 |
Der Meister der Regionalliga Bayern 2019/20 steigt direkt in die 3. Liga auf. Die letzten beiden Vereine steigen direkt ab. Der Fünfzehnte und Sechszehnte bestreiten Relegationsspiele um den Verbleib.